En collaboration avec Joël Parnotte, il publie Hong Kong Triad (3 tomes, 1998-2000) aux éditions Le Téméraire. De 2000 à 2006, il signe Les Aquanautes (5 tomes, Soleil Productions) et L’Arche avec Jérôme Félix (3 tomes, 2003-2005). De 2007 à 2019, il travaille avec Régis Loisel et Djian sur Le Grand Mort (Vents d’Ouest). Entre 2010 et 2013, il collabore avec Régis Loisel et Serge le Tendre sur la célèbre série La Quête de l’oiseau du temps. Enfin, le premier tome de son diptyque Ténébreuse paraitra en septembre aux éditions Dupuis. En paralelle, Vincent Mallié réalise des illustrations pour la galerie parisienne Daniel Maghen.